Bioinformata Pleno

O Centro de Integração de Dados e Conhecimentos para Saúde (Cidacs/Fiocruz Bahia) está recrutando um(a) Bioinformata Pleno para atuar no Piloto do Repositório Nacional de Dados Genômicos do Programa Genomas Brasil, integrando e curando dados genômicos, fenotípicos e clínicos provenientes de projetos financiados pelo DECIT/MS. Sobre o CIDACS: O CIDACS/Fiocruz Bahia é um centro dedicado à integração e análise de grandes volumes de dados para pesquisa em saúde. A equipe trabalha em ambiente multidisciplinar, com infraestrutura de HPC, data lake seguro e ambientes controlados para processamento de dados sensíveis.  Responsabilidades e atribuições Desenvolver, adaptar e executar pipelines de bioinformática para processamento de dados genômicos humanos, incluindo pré-processamento, alinhamento, processamento de BAM/CRAM e chamada de variantes, utilizando Nextflow, containers e boas práticas de reprodutibilidade. Realizar controle de qualidade e curadoria de dados genômicos humanos, avaliando métricas e resultados de FASTQ, BAM/CRAM e VCF, identificando inconsistências e apoiando a definição de critérios de qualidade. Automatizar processos de processamento, ingestão e curadoria, buscando eficiência, padronização, rastreabilidade e execução em escala em ambientes HPC. Investigar e solucionar problemas técnicos relacionados a pipelines, ferramentas, execução em HPC, qualidade dos dados e resultados das análises. Elaborar e manter documentação técnica e procedimentos operacionais, garantindo reprodutibilidade, rastreabilidade, governança e continuidade dos fluxos desenvolvidos. Colaborar na integração e harmonização de dados genômicos, fenotípicos e clínicos no contexto do Repositório Nacional Genômico.Requisitos e qualificações--------------------------------------------------QUALIFICAÇÕES E REQUISITOS OBRIGATÓRIOS:--------------------------------------------------EXPERIÊNCIA: Mínimo de três anos de experiência em bioinformática, acadêmica ou profissional, com atuação prática no processamento e análise de dados de sequenciamento de DNA genômico por NGS. Experiência consistente na implementação, execução, manutenção ou otimização de pipelines reprodutíveis. Experiência em projetos de genômica humana com responsabilidade direta pela execução de análises, investigação de problemas e interpretação dos resultados gerados.HABILIDADE TÉCNICAS: Experiência prática com Nextflow, incluindo desenvolvimento, execução e troubleshooting de pipelines. Experiência sólida em Linux e Shell Script. Experiência prática em ambientes HPC, incluindo SLURM, submissão e monitoramento de jobs, alocação de recursos, filas, logs e armazenamento compartilhado. Conhecimento prático de fluxos de processamento de dados genômicos, incluindo controle de qualidade, mapeamento, processamento de BAM/CRAM e chamada de variantes. Familiaridade prática com ferramentas amplamente utilizadas em genômica humana, como GATK, BWA, SAMtools/bcftools e Picard, ou ferramentas equivalentes. Conhecimento dos formatos FASTQ, BAM/CRAM, VCF e gVCF, incluindo compreensão dos principais resultados e métricas gerados durante o processamento. Experiência com containers, como Docker e Singularity/Apptainer. Experiência com Git e controle de versão.Esta é uma posição de nível pleno e requer experiência prática prévia em Bioinformática e Genômica Humana. Buscamos profissionais que já tenham utilizado essas tecnologias em projetos reais e tenham autonomia para executar análises, investigar problemas e compreender seus resultados. Experiência exclusivamente obtida em cursos, treinamentos ou execuções pontuais não é suficiente para a posição. -----------------------------------------DESEJÁVEIS, MAS NÃO OBRIGATÓRIOS: ----------------------------------------- Experiência com dados humanos de WES e/ou WGS. Experiência com análise de variantes germinativas e/ou somáticas. Experiência com pipelines nf-core. Experiência com padrões GA4GH, especialmente DUO e Phenopackets. Experiência com dados fenotípicos e clínicos, REDCap, HPO, MONDO ou OMOP-CDM. Experiência com processamento em GPU e NVIDIA Parabricks. Inglês intermediário. DIFERENCIAIS: Mestrado ou doutorado em Bioinformática, Genética, Genômica ou áreas correlatas. Publicações científicas relevantes em genômica ou bioinformática. Experiência prévia em projetos nacionais, multicêntricos ou de grande escala. Experiência com CI/CD e boas práticas de engenharia de software.Informações adicionaisSOBRE O PROJETO:Nos próximos 24 meses, vamos transformar milhares de sequências genômicas dispersas em um repositório nacional vivo, seguro e interoperável — com pipelines Nextflow/WDL executando em HPC, controle de qualidade rigoroso e metadados harmonizados.Estamos construindo o primeiro piloto do Repositório Nacional Genômico, integrando dados genômicos, fenotípicos e clínicos provenientes de projetos financiados pelo DECIT/MS, criando a base para pesquisas em saúde pública, vigilância genômica e medicina de precisão.Buscamos pessoas inquietas, altamente técnicas e comprometidas com a ciência aberta e o uso ético de dados sensíveis que desejam contribuir para uma das iniciativas mais estratégicas do país em genômica humana.SOBRE O CIDACS:O CIDACS é um centro pioneiro na integração de dados, focado em entender, estudar e avaliar as condições de saúde da população brasileira por meio de Big Data. Nosso trabalho auxilia gestores públicos, pesquisadores e a comunidade, contribuindo para transformar vidas. Se você, assim como nós, é apaixonado por tecnologia e inovação, junte-se ao nosso time. Aqui, você encontrará um ambiente acolhedor, propício para desenvolvimento e inovação, repleto de profissionais de diversas formações acadêmicas unidos por um propósito.Aqui você encontrará:Um ambiente acolhedor e colaborativo;Profissionais altamente qualificados e multidisciplinares;Infraestrutura de ponta (HPC, data lake seguro, TRE);Incentivo à inovação, formação contínua e autonomia científica.Se você é apaixonado por bioinformática, automação e desafios complexos, venha fazer parte dessa missão.Traga seu talento e comprometimento e venha fazer parte desse time!Mais informações sobre o Cidacs, acesse: www.cidacs.bahia.fiocruz.br